Pengelolaan Air Lanjut
Mata kuliah Pengolahan Air Lanjut merupakan mata kuliah pilihan yang diberikan pada semester 7 dengan beban 2 sks. Materi mata kuliah ini merupakan lanjutan dari mata kuliah SPAM, sehingga mahasiswa yang berminat pada bidang keahlian pengolahan air minum. Dengan mengambil mata kuliah ini diharapkan mahasiswa lebih memahami tentang unit pengolahan air dengan teknologi yang lebih tinggi sehingga mahasiswa dapat mendesain unit-unit tersebut.

Perusahaan Air Minum
Mata kuliah Perusahaan Air Minum merupakan mata kuliah pilihan yang diberikan pada semester 7 dengan beban 2 sks. Mata kuliah ini diberikan kepada mahasiswa yang berminat mendalami bidang air minum sehingga sebagai prasyarat mahaiswa harus telah mengambil mata kuliah SPAM. Dengan mengambil mata kuliah ini diharapkan mahasiswa lebih memahami tentang seluk beluk perusahaan air minum di Indonesia dan bagaimana manajemen suatu perusahaan air minum.

Korosi dan Proteksi Katodik
Mata kuliah Korosi dan Proteksi Katodik merupakan mata kuliah pilihan yang dapat diambil mulai semester V. Untuk mengambil mata kuliah ini, mahasiswa harus terlebih dahulu mengambil mata kuliah prasyarat, yaitu mata kuliah Kimia Lingkungan II. Dengan bekal pengetahuan dari mata kuliah prasayarat tersebut diharapkan mahasiswa lebih mampu memahami mata kuliah. Pada mata kuliah ini, mahasiswa diajarkan tentang korosi mulai dari teori dasar sampai proses terjadinya korosi. Selanjutnya mahasiswa diajarkan proteksi katodik, yang meliputi konsep, metode, aplikasi, cara instalasi dan cara mengoperasikan serta memeliharanya. Mata kuliah ini sangat dibutuhkan untuk mendukung mata kuliah yang berkaitan dengan pengolahan air seperti SPAM dan PIPAL terutama berkaitan dengan pemeliharaan instalasi bangunan.

Pengolahan Limbah Lanjut
Mata Kuliah Pengolahan Limbah Lanjut (PLL) menjabarkan permasalahan dan solusi terkait dengan pencemar di dalam air limbah yang tidak dapat diolah dengan menggunakan teknologi konvensional. Mata kuliah ini terutama menjelaskan teknologi terkini didalam solusi pengolahan air limbah.

Pengolahan Limbah Secara Alamiah
Pengolahan Air Limbah Secara Alami (PALSA) bertujuan untuk menjelaskan teknologi pengolahan air limbah yang minim penggunaan energi eksternal dan minim penggunaan peralatan mekanis dengan sedapat mungkin memanfaatkan proses yang ada di alam. Metode pengolahan ini biasanya digunakan di daerah tropis, meskipun tidak menutup kemungkinan digunakan di daerah dengan iklim yang berbeda.

Pengelolaan Limbah Industri
Kedudukan mata kuliah Pengelolaan Limbah Industri (PLI) dalam kurikulum 2013 termasuk dalam kelompok pilihan dengan bobot 2 SKS. Pada mata kuliah ini mahasiswa akan dibekali dengan pengetahuan tentang konsep pengelolaan limbah idustri secara terintegrasi dan berkelanjutan. Mata kuliah ini perlu diajarkan agar mahasiswa dapat menjelaskan berbagai konsep atau model industri ramah lingkungan (eco-industry).

Bioteknologi Lingkungan
Mata kuliah Bioteknologi Lingkungan merupakan mata kuliah pilihan dengan bobot 2 sks. Materi dalam mata kuliah ini menyangkut pemanfaatan aktivitas mikrobial dalam remediasi lingkungan tercemar dan aplikasi konsep resource recovery yang relevan dengan pemanfaatan aktivitas microbial tersebut. Untuk dapat mengambil mata kuliah ini, mahasiswa harus sudah mengambil mata kuliah mikrobiologi lingkungan dan satuan proses sehingga telah mendapatkan materi mengenai jenis dan karakteristik kelompok-kelompok mikroba, metabolism mikroba, perkembangbiakan, perannya di lingkungan serta dasar-dasar proses biologis.

Daur Ulang Air Limbah
Mata Kuliah Daur Ulang Air Limbah terkait erat dengan konsep di dalam Perencanaan Instalasi Pengolahan Air Limbah (Perencanaan IPAL). Di dalam mata kuliah Perencanaan IPAL ditekankan pada orientasi penggunaan ulang air limbah terolah. Mata Kuliah ini bertujuan untuk menjelaskan lebih lanjut terkait dengan daur ulang tersebut, dalam relevansinya dengan kebutuhan air, resiko, dan aplikasi di lapangan.

Perencanaan Landfill
Matakuliah ini termasuk kelompok matakuliah pilihan bidang teknologi lingkungan sub bidang persampahan. Prasyarat dari matakuliah ini adalah Pengelolaan Persampahan. Perencanaan landfill mempunyai bobot 2 sks, urgensi dari matakuliah ini adalah dalam rangka memberikan gambaran kepada mahasiswa untuk dapat merencanakan lokasi pengolahan sampah akhir di suatu wilayah sesuai standar yang mengutamakan aspek lingkungan dalam desain, operasional maupun pasca operasinya.

Konversi Limbah Menjadi Energi
Matakuliah ini merupakan matakuliah pilihan bidang Teknologi Lingkungan dengan sub bidang Persampahan. Materi dalam mata kuliah ini mencakup potensi pemanfaatan limbah untuk dijadikan energi melalui pengolahan termal dan biologis serta apa saja yang harus dipersiapkan apabila akan diimplementasikan dalam bentuk proyek baik skala pilot maupun komersial.

Pengelolaan Sampah Berbasis Masyarakat
Matakuliah ini merupakan matakuliah pilihan dalam konsentrasi Pengelolaan Sampah. Pengelolaan sampah berbasis masyarakat menjadi trend pengelolaan sampah di Indonesia saat ini. Tujuan matakuliah ini adalah mengenalkan kepada mahasiswa bahwa sampah wajib dikelola oleh siapa saja yang menghasilkannya, tidak hanya tanggung jawab dari pemerintah saja. Diharapkan dengan mengikuti matakuliah ini mahasiswa dapat merencanakan sistem pengelolaan sampah berbasis masyarakat di suatu lokasi.

Pengolahan Lindi
Matakuliah ini merupakan matakuliah pilihan bidang Teknologi Lingkungan dengan sub bidang Persampahandengan prasyarat telah menempuh matakuliah Pengelolaan Persampahan. Matakuliah pengolahan lindi berisikan materi terkait proyeksi timbulan lindi dan potensi pencemarannya serta penekanan terhadap aspek perencanaan pada berbagai alternatif pengolahannya, baik secara fisik, kimia maupun biologis. Matakuliah ini sangat penting dalam rangka matakuliah pengelolaan persampahan dan dalam rangka menerapkan konsep suistainable landfill. Diharapkan setelah mengikuti matakuliah ini, mahasiswa dapat memahami dan merencanakan sistem pengolahan lindi yang berasal dari landfill.

Pengelolaan Lingkungan Tambang
Mata kuliah Pengelolaan Lingkungan Tambang adalah mata kuliah pilihan yang tergolong kedalam mata kuliah pilihan manajmen kualitas lingkungan dengan bobot 2 SKS. Didalam mata kuliah ini mahasiswa diajarkan untuk memahami aspek teknis dari berbagai pengelolaan lingkungan di industri pertambangan yang meliputi Amdal pertambangan, teknik pengelolaan limbah tambang dan reklamasi pasca tambang. Matakuliah ini akan sangat mendukung mahasiswa dengan minat karir di industri pertambangan.

Pengelolaan Pencemaran Laut
Mata kuliah Pengelolaan Pencemaran Laut merupakan mata kuliah pilihan yang dapat diambil mulai semester V. Untuk mengambil mata kuliah ini, mahasiswa harus terlebih dahulu mengambil mata kuliah prasyarat, yaitu mata kuliah Kimia Lingkungan II. Dengan bekal pengetahuan dari mata kuliah prasayarat tersebut diharapkan mahasiswa lebih mampu memahami mata kuliah Pengelolaan Pencemaran Laut ini. Mata kuliah ini mengajarkan kepada mahasiswa tentang berbagai hal mengenai pengelolaan pencemaran di wilayah laut dan sekitarnya mulai dari kondisi oceanografi, sumber pencemar dan dampaknya, termasuk juga kasus-kasus seperti pencemaran minyak, pembuangan limbah di laut, dumping, pembuangan limbah radioaktif, dan penambangan di laut. Selain itu mahasiswa juga dikenalkan dengan konsep pengelolaan daerah pesisir dan laut berbasis masyarakat. Untuk lebih meningkatkan pendalaman mata kuliah ini, mahasiswa diberi tugas untuk melakukan survey terhadap kondisi pesisir di wilayah DIY serta membuat kajian dan mempresentasikan hasilnya di hadapan teman-temannya sendiri.

Analisis Risiko Lingkungan
Kedudukan matakuliah Analisis Risiko Lingkungan (Environmental Risk Assessment) dalam kurikulum 2013 termasuk dalam kelompok pilihan dengan bobot 2 SKS. Pada mata kuliah ini mahasiswa akan dibekali dengan pengetahuan tentang penilaian risiko lingkungan yang ditimbulkan oleh bahaya lingkungan (environmental hazard) baik yang bersumber dari aktivitas manusia (antrophogenic) maupun sumber alamiah (natural hazard). Mata kuliah ini perlu diajarkan agar mahasiswa dapat menjelaskan berbagai konsep dan metode yang dipergunakan dalam penilaian risiko lingkungan.

Sanitasi Negara Berkembang
Salah satu tujuan Millenium di dalam Millenium Development Goals (MDGs) adalah menjaga keberlanjutan Lingkungan. Salah satu permasalahan di negara berkembang adalah masih rendahnya cakupan dan kualitas sarana sanitasi yang ada. Mata kuliah ini bertujuan untuk memberikan gambaran tantangan yang muncul di dalam penyediaan sistem sanitasi yang layak di dunia berkembang, khususnya di Indonesia.

Teknologi Remediasi
Mata kuliah Teknologi Remediasi (2 SKS) adalah mata kuliah pilihan yang tergolong kedalam kelompok Manajemen Kualitas Lingkungan. Didalam mata kuliah ini mahasiswa diajarkan untuk memahami prinsip dasar pencemaran tanah