Laboratorium Kualitas Lingkungan merupakan laboratorium yang berada di bawah PSTL UII yang berdiri pada tahun 1999. Laboratorium Kualitas Lingkungan telah mendapatkan akreditasi dari Komite Akreditasi Nasional (KAN) dengan nomor akreditasi LP-476-IDN sesuai ISO/IEC 17025: 2005. Sebagai bagian dari PSTL, laboratorium ini juga berfungsi untuk laboratorium pendidikan seperti praktikum dan riset guna mendukung proses pembelajaran di PSTL.  Laboratorium Kualitas Lingkungan ini terdiri dari beberapa laboratorium, yaitu:

1. Laboratorium Kualitas Air
2. Laboratorium Kualitas Udara
3. Laboratorium Bioteknologi Lingkungan
4. Laboratorium Sampah dan Limbah Bahan Berbahaya dan Beracun (B3)
5. Laboratorium Analisis Resiko Lingkungan