Program Studi Teknik Lingkungan (PSTL),  berdiri pada tanggal 22 September 1999 sesuai dengan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Nomor 413/DIKTI/kep/1999 sekaligus dikeluarkannya status terdaftar. Alasan yang melatarbelakangi pendirian PSTL UII adalah kebutuhan pada saat itu dan masa mendatang dimana :

1. Persoalan kerusakan/degradasi  lingkungan yang terus terjadia atau meningkat baik secara nasional maupun internasional sehingga menjadi isu global yang kemudian adanya kesadaran secara bersama oleh oleh 179 negara di dunia termasuk Indonesia untuk melakukan Konferensi Tingkat Tinggi Bumi (Earth Summit) tahun 1992 di Rio de Jaeniro.
2. Hasil KTT Bumi tersebut kemudian pemerintah Indonesia menindaklanjuti dengan Agenda 21 Indonesia tentang strategi nasional untuk pembangunan berkelanjutan.
3. Langkah tersebut (point 1) kemudian direspon oleh pemerintah Indonesia dengan membuka Kantor Badan Pengendalian Dampak Lingkungan (BAPEDAL) baik ditingkat pusat, propinsi dan kabupaten se Indonesia.
4. Diprediksikan pada tahun 1999 terjadi gap supply and demand dimana kebutuhan tenaga ahli TL secara nasional adalah sebanyak 40.040 orang pada satu sisi  sarjana TL yang dihasilkan PT yang memiliki prodi teknik lingkungan belum mencapai 1500 orang.
5. Isu point 2 dan 3 menjadikan kesadaran masyarakat dan dunia industri untuk melakukan pengelolaan lingkungan apabila tidak ingin mendapatkan sanksi. Sebagai konsekwensi logisnya kebutuhan sarjana teknik lingkungan meningkat.

Pada tahun 2002 PSTL UII telah terakreditasi C sesuai dengan SK BAN PT No. 009/BAN-PT/AK-V/S1/V/2002 dan kemudian pada tahun 2005 mendapatkan akreditasi B sesuai dengan SK BAN PT No. 020/BAN-PT/Ak-IX/S1/X/2005. Pada tahun 2011, PSTL UII telah terakreditasi A sesuai dengan SK BAN PT No 034/BAN-PT/Ak-XIV/S1/X/2011.

Dalam perkembangannya selama kurun waktu delapan belas (18) tahun sejak didirikan, PSTL UII telah menjadi Program Studi Teknik Lingkungan yang diperhitungkan dalam kancah program studi serupa di tingkat nasional. Untuk menghasilkan lulusan yang dapat bersaing secara global maka pada saat ini, PSTL UII sudah memperoleh akreditasi internasional dari Engineering Accreditation Commission ABET (Accreditation Board for Engineering and Technology) yang berbasis di Amerika Serikat. Perolehan ini menjadikan PSTL UII menjadi prodi Teknik Lingkungan pertama di Indonesia yang mendapatkan akreditasi internasional dari ABET di lingkungan perguruan tinggi swasta.

Akreditasi ABET sudah diakui secara internasional dan dianggap merupakan jaminan standar kualitas dari perguruan tinggi yang diakreditasi. Hal-hal yang dievaluasi meliputi mahasiswa, tujuan program studi, luaran program studi, kurikulum, kualifikasi pengajar, administrasi, fasilitas, dan sarana pendukung maupun keuangan. ABET menetapkan kurikulum minimum untuk bermacam program engineering, sebagai contoh ABET mensyaratkan semua lulusan sarjana harus menerima setidaknya setahun masa studi dalam natural science dan mathematics, juga pada bidang pendidikan umum, di samping juga kelas perancangan dalam pendidikannya.

Dengan memperoleh akreditasi internasional tersebut, PSTL UII ke depan diharapkan dapat menjawab tantangan pemenuhan kualifikasi lulusan sehingga dapat bersaing secara global dan turut serta menangani masalah-masalah lingkungan yang semakin kompleks.