Jurusan Teknik Lingkungan UII berlokasi di Gedung Mohammad Natsir, yang merupakan kampus Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan dan menjadi rumah untuk tiga jurusan, yaitu Teknik Lingkungan, Teknik Sipil, dan Arsitektur.
Gedung ini dilengkapi dengan ruang kelas, kantor, ruang mahasiswa, auditorium, laboratorium, masjid, kantin, tempat parkir, toilet, dan ruang hijau terbuka yang luas. Setiap ruang kelas didukung dengan fasilitas modern dan mampu menampung sekitar 40 hingga 80 mahasiswa. Kantor Jurusan Teknik Lingkungan UII berada di sisi gedung bagian selatan di lantai dua. Total ruang kerja staf akademik EE mencapai 135 m2.